扁桃體結石常見清除結石的方法有口腔清洗器消除、棉簽刮除等，結石較大可以考慮手術治療。
扁桃體上存在的小塊結石，可以使用氯己定含漱液消除；如果效果不佳，可以前往專業醫院使用口腔清洗器來消除扁桃體結石，一般需要將沖洗器壓力調到合適的水平，使水流對準結石進行沖洗，直到結石松動，使結石排出。
如果清洗器也不能清除結石，可以在醫院就診，醫生會試著使用消毒棉簽或刮匙輕輕刮除結石。如果結石較大，影響吞咽功能，經過保守治療效果不佳的患者，可以考慮切除扁桃體或切開取石術，通常會將較大的結石先取出來，或行扁桃體切除。
扁桃體結石排出來的方法如下：
保守治療：如果扁桃體結石較小，通常不會出現明顯的不適癥狀，此時可以在醫生指導下使用無菌棉簽將扁桃體結石輕刮取下，定期使用溫鹽水漱口幫助清除口腔細菌。同時還需要注意清淡飲食，多食用新鮮蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性食物，避免煙酒等。
手術治療：如果扁桃體結石較大，常會出現口臭、反復咽痛、吞咽困難、異物感、反復咳嗽等不適癥狀，此時由于癥狀較重，通常需要去醫院采用扁桃體切除術來消除結石，避免復發。